ISA와 연금저축 차이, 어디에 먼저 넣을까

기준일 2026-10-30

한눈에 보기

  • 연금저축은 넣을 때 세액공제(13.2~16.5%)를 받는 대신 55세까지 묶입니다.
  • ISA는 넣을 때 혜택이 없고, 3년 뒤 수익 200만 원(서민형 400만 원)까지 비과세, 넘는 부분은 9.9%입니다.
  • 순서는 보통 세액공제 한도까지 연금계좌, 남는 돈은 ISA, ISA 만기 때 연금으로 옮겨 추가 공제입니다.

두 계좌 모두 세금을 줄여 주지만 혜택을 주는 시점과 돈이 묶이는 기간이 다릅니다. 이 차이를 알면 어느 계좌에 먼저 넣을지, 같은 ETF를 둘 다 담아도 되는지가 정해집니다.

한눈에 비교

항목연금저축ISA(중개형)
넣을 때세액공제 13.2% 또는 16.5%(연 600만 원, IRP 합산 900만 원까지)혜택 없음
넣는 한도연 1,800만 원(IRP 합산)연 2,000만 원, 총 1억 원
꺼낼 때 세금55세 이후 연금으로 3.3~5.5%, 중도 해지 16.5%수익 200만 원(서민형 400만 원)까지 비과세, 넘는 부분 9.9%
묶이는 기간55세 이후, 가입 5년 이상3년(낸 원금 안에서 꺼내는 것은 해지로 보지 않음)
손실 처리손익을 따로 나누지 않고, 꺼내는 금액에 과세계좌 안 이익에서 손실을 빼고 남은 순이익에만 과세
담을 수 있는 것국내 상장 ETF(레버리지, 인버스 제외), 펀드국내 상장 주식, ETF, 펀드(해외 상장 ETF 제외)

근거: 조세특례제한법 제91조의18 제1항, 제2항, 제5항, 제8항, 소득세법 제59조의3

어디에 먼저 넣나

  1. 세액공제 한도까지 연금저축과 IRP(합산 900만 원). 넣는 해에 13.2~16.5%가 돌아오는 확정 혜택이라 먼저 채웁니다. 다만 결정세액이 0원에 가까우면 공제 효과가 없으니 연말정산 미리보기로 먼저 확인합니다.
  2. 남는 여윳돈은 ISA. 3년 뒤 꺼낼 수 있어 결혼, 주택처럼 몇 년 안에 쓸 목돈에 맞습니다.
  3. ISA 만기 때 연금계좌로 옮기기. 옮긴 금액의 10%, 최대 300만 원만큼 세액공제 대상이 늘어납니다(만기 후 60일 안, ISA 만기 자금 연금 이전). 연장이나 해지를 고민한다면 ISA 만기 연장과 만기되면 할 일을 먼저 보십시오.

55세 전에 꺼낼 가능성이 있는 돈은 연금저축에 넣지 않습니다. 중도 해지 세금 16.5%는 공제율(13.2~16.5%)과 같거나 크고 운용수익에도 붙어, 공제를 받고도 손해가 날 수 있습니다.

같은 ETF를 둘 다 담아도 되나

  • 됩니다. 계좌마다 따로 사고 세금도 따로 계산하므로 제한이나 이중 과세가 없습니다.
  • 다만 두 계좌를 합쳐 한 포트폴리오로 봐야 쏠림이 보입니다. ISA에 S&P500과 나스닥100을 담고 연금저축도 같게 담으면 전체가 미국 주식 100%입니다.
  • 오래 묶어 둘 연금 쪽에는 장기 자산배분을, 3년 뒤 꺼낼 수 있는 ISA에는 그때 필요에 맞는 자산을 두는 것이 기본입니다.
  • 분배금이 많은 ETF는 두 계좌 모두 일반 계좌보다 유리합니다. 연금은 과세를 미루고, ISA는 비과세 한도 안에서 세금이 없습니다.

IRP는 어디에 들어가나

  • 세액공제 900만 원 중 연금저축 600만 원을 넘는 300만 원은 IRP로만 채울 수 있습니다.
  • IRP는 위험자산을 70%까지만 담을 수 있어, 채권이나 예금 몫을 IRP에 두는 배분이 흔합니다. 연금저축과 IRP에 나눠 담는 법

자주 묻는 질문

ISA와 연금저축 중 하나만 한다면 무엇이 낫나요?
근로소득이 있고 55세까지 쓰지 않을 돈이면 연금저축입니다. 넣는 해에 13.2~16.5%가 세액공제로 돌아옵니다. 55세 전에 쓸 수 있는 돈이면 ISA입니다. 연금저축을 중간에 해지하면 공제받은 원금과 수익에 16.5%가 붙어 받은 공제보다 클 수 있습니다.
ISA에 넣은 돈도 세액공제를 받나요?
아닙니다. ISA는 넣을 때가 아니라 계좌에서 난 수익에 혜택을 줍니다. 다만 3년이 지나 ISA 자금을 연금계좌로 옮기면 옮긴 금액의 10%, 최대 300만 원만큼 연금계좌 세액공제 대상이 늘어납니다.
연금저축과 ISA에 같은 ETF를 사도 되나요?
됩니다. 계좌마다 따로 사고 따로 세금을 계산하므로 제한이나 이중 과세가 없습니다. 다만 두 계좌를 합쳐 한 포트폴리오로 보지 않으면 한 자산에 쏠리기 쉽습니다.
ISA 3년이 지나면 꼭 해지해야 하나요?
아닙니다. 계약기간이 끝나기 전에 연장할 수 있습니다(조세특례제한법 제91조의18 제4항). 3년이 지난 뒤 잔액을 연금계좌로 옮기면 계약기간이 끝난 것으로 봅니다.

출처와 확인 위치

세법과 금융사 절차는 바뀔 수 있으며, 이 글은 2026-10-30 기준 공개 자료를 정리한 것입니다.

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